Constituida en 1994 con el objetivo de servir de lugar de encuentro, de debate y reflexión a las universidades españolas, de acuerdo a sus Estatutos la CRUE tiene entre sus funciones:

 Impulsar la promoción y desarrollo de la educación superior y la investigación universitaria

Fomentar la cooperación entre las universidades españolas y extranjeras, así como con todas aquellas instituciones que contribuyan al mejor desarrollo de su actividad

 Intercambiar información, promover estudios, informes y recomendaciones que redunden en una mayor y más eficaz cooperación con las administraciones públicas

Reforzar la proyección social de la universidad y su compromiso con la sociedad.

La CRUE promueve, en definitiva, la reflexión sobre las finalidades y problemas universitarios y orienta sus planteamientos con criterios que van más allá de los intereses de sectores o grupos particulares. Se pretende que sea un cauce ágil, efectivo y representativo de las instituciones universitarias españolas que facilite tanto la cooperación mutua como con otras conferencias de rectores internacionales.

La CRUE, por otro lado, hace entrega, desde 2005 y cada dos años, de La Medalla de Honor CRUE a dos personalidades que destacan por su esfuerzo aportaado al mundo universitario, su brillante trayectoria académica o su contribución al mundo educativo.